Muzeum zaproponowało alternatywną metodę ustalania prewspółczynnika VAT – opartą na liczbie odpłatnych i nieodpłatnych wejść. W jego ocenie dokładniej odzwierciedla ona faktyczny zakres wykorzystania infrastruktury do działalności gospodarczej. Dyrektor KIS uznał jednak tę metodę za nieprawidłową i przypomniał, że stosowanie korzystniejszego dla podatnika wskaźnika nie może być jedynym kryterium wyboru.