Zasadniczo faktury pro forma jako faktury nie powinny być już wystawiane. Od 2013 r. istnieje możliwość wystawienia faktury przed terminem i to na podstawie takiej faktury jako dokumentu VAT należy dokonywać rozliczeń. Tym bardziej w jednostce, która dysponuje środkami publicznymi.

Faktury pro formy funkcjonują w obrocie, ale nie są dokumentami księgowymi – są jedynie ofertami handlowymi. Jeśli wewnętrzne regulacje w jednostce nie przewidują inaczej, można dokonać zapłaty na podstawie takiej oferty handlowej. Ale potem powinna być faktura zaliczka chyba że do końca tego miesiąca transakcja zostanie wykonana (wtedy zwykła faktura powinna być wystawiona).