Opłatę prolongacyjną ma obowiązek zapłacić przedsiębiorca, który złożył wniosek o odroczenie terminu płatności podatku lub o rozłożenie zaległości podatkowej na raty, a urząd skarbowy ten wniosek zaakceptował.

Stawka opłaty prolongacyjnej jest równa obniżonej stawce odsetek za zwłokę. Obecnie jest to 5,5%.

Opłatę prolongacyjną oblicza się według wzoru:

K × L × S
----------------- = On = OPpz
365

gdzie:
K - kwota odroczonego lub rozłożonego na raty podatku, odroczonej lub rozłożonej na raty zaległości podatkowej,
L - liczba dni, na którą termin płatności podatku lub zapłatę zaległości podatkowej bądź rozłożono na raty zapłatę podatku lub zaległości podatkowej,
S - stawka opłaty prolongacyjnej,
365 - liczba dni w roku,
OP - kwota opłaty prolongacyjnej,
OPpz - kwota odsetek po zaokrągleniu.